داستان در مورد چهار برادر جهش یافته لاکپشتی است. لئوناردو ، رافائل ، داناتلو و مایکل آنجلو. چهار برادر توسط استادشان اسپلینتر آموزش دیده اند و حالا میخواهند در برابر دشمنشان شردر از شهر محافظت کنند.

داستان فیلم درباره ی یک کارمند آرام است که زندگی اش به نوعی از خلال نگاتیوهایی که برای مجله ی تایم ظاهر و چاپ می کند، می گذرد. زمانی که یک عکس ستایش شده، عکسی که برای چاپ شدن روی جلد آخرین نسخه ی مجله انتخاب شده است، گم می شود، والتر مجبور می شود وارد ماجراهای دنیای واقعی بشود تا عکس را پیدا کند ...